Desai nhậm chức thủ tướng và Neelam Sanjiva Reddy trở thành tổng thống Ấn Độ. Gandhi mất ghế ở quốc hội và nhận ra rằng bà không còn việc làm, lợi tức và tư dinh. Đảng Quốc Đại bị phân hóa, những người từng ủng hộ bà như Jagjivan Ram bỏ sang đảng Janata. Đảng Quốc Đại (Gandhi) nay chỉ còn là một nhúm đối lập nhỏ ở Quốc hội. Do những tranh chấp nội bộ, chính phủ liên hiệp Janata tỏ ra không đủ uy tín để kiểm soát tình thế, Bộ trưởng Nội vụ Choudhary Charan Singh ra lệnh tống giam Indira và Sanjay Gandhi dựa trên một số cáo buộc không chính đáng. Tuy nhiên, việc bắt giữ và xét xử kéo dài khiến hình ảnh một phụ nữ yếu đuối bị ngược đãi làm thay đổi tình cảm của công chúng và là nhân tố dẫn đến sự hồi sinh chính trị cho Gandhi.

Các thành phần trong Chính phủ liên hiệp Janata đã gắn kết với nhau do căm ghét Gandhi, nhưng khi tự do được hồi phục chính phủ lại lún sâu trong những tranh chấp nội bộ đến nỗi không ai quan tâm đến những nhu cầu thiết yếu của bà. Gandhi liền tận dụng tình thế để biến thành lợi thế. Bà khởi sự diễn thuyết trước công chúng, khôn khéo nhận lỗi về những sai sót đã phạm trong thời kỳ Khẩn trương, và tìm kiếm sự ủng hộ từ những nhân vật được tôn trọng như Vinoba Bhave. Tháng 6 năm 1979, Desai phải từ chức, Singh được tổng thống bổ nhiệm vào chức thủ tướng.

Singh cố gắng thành lập chính phủ với liên minh Janata của ông nhưng không giành được thế đa số. Sự kiện Charan Singh chấp nhận thương thảo với Gandhi để tìm kiếm sự hậu thuẫn của các dân biểu thuộc đảng Quốc Đại khiến nhiều người tức giận vì cho rằng Singh không ngần ngại ve vãn đối thủ chính trị lớn nhất của liên minh Janata. Sau một thời gian ngắn, Gandhi rút lại sự ủng hộ ban đầu, Tổng thống Reddy giải tán Quốc hội, quyết định tổ chức bầu cử trong năm 1980. Đảng Quốc Đại của Gandhi trở lại cầm quyền với đa số áp đảo.

Indira Gandhi được tặng Giải thưởng Hòa bình Lenin (cho năm 1983-1984).